南疆軍區，乃中國人民解放軍之軍區一，屬新疆軍區也。
民國三十八年(一九四九年)二月元日，西北野戰軍二縱改為中國人民解放軍二軍，隸一野之建制也。領四師，五師，六師也。一九五三年三月，二軍番號罷之，部伍改南疆軍區；四師整為步四師；五、六師整為新疆農建一師（駐阿克蘇）、二師（駐焉耆，一九六零年遷庫爾勒）也。
